आइसोमाल्टो-ओलिगोसैकेराइड अलग-अलग अनाज फसलों (गेहूं, जौ, मकई), दालों (दाल, मटर), चावल, तपिओका (कसावा), आलू और अन्य स्टार्च स्रोतों से स्टार्च के एंजाइम-उत्प्रेरित हाइड्रोलिसिस द्वारा बनता है। अल्फा-ग्लूकोसिडेज़, अल्फा-एमाइलेज़, और पुलुलानेज़ सहित एंजाइम, स्टार्च में पॉलीसेकेराइड्स को हाइड्रोलाइज करते हैं, जो अल्फा- 1,4 और अल्फा-1,6 ग्लाइकोसाइड लिंकेज के साथ मोनो-, डी-, ट्राइ- और अन्य छोटे ओलिगोसैकेराइड का उत्पादन करते हैं। खमीर को ग्लूकोज को हटाने के लिए जोड़ा जाता है जो एंजाइमेटिक हाइड्रोलिसिस प्रतिक्रियाओं के परिणामस्वरूप बन सकता है।
स्टार्च हाइड्रोलिसिस में अंतिम चरण एक saccharification कदम है जो उच्च माल्टोज़ सिरप की पैदावार करता है। माल्टोज़ सिरप में स्वाभाविक रूप से अल्फा- 1,4 ग्लाइकोसाइड लिंकेज के साथ di- और tri- oligosaccharides होते हैं। इन अणुओं को कार्यात्मक और कम कैलोरी अणुओं में परिवर्तित करने के लिए, ये अल्फा -1,4 लिंकेज एंजाइमेटिक रूप से अल्फा -1,6 लिंकेज में परिवर्तित हो जाते हैं, इस प्रकार आईएमओ बनाते हैं। यह कदम एक एंजाइम, ट्रांसग्लुकोसिडेज़ (टीजी) के अतिरिक्त द्वारा प्राप्त किया जाता है। संक्षेप में, टीजी एंजाइम माल्टो-ओलिगोसैकेराइड्स को आईएमओ में परिवर्तित करता है।